Balneoterapi’nin en yaygın kullanılan doğal balneolojik kaynakları olan şifalı sular, fiziksel ve kimyasal niteliklerine göre sınıflandırılırlar. Genel kabul gören sınıflandırma şöyledir:

1. Termal sular:Doğal su çevrimine bağlı olarak oluşur, toprağın alt katmanlarında magmaya yaklaşarak belirli bir sıcaklığa ulaşırlar. Doğal sıcaklıkları 20º C’nin üzerindedir.
2. Mineralli sular:Toprakta bulunan mineral, gaz ve diğer maddeleri değişik düzeylerde çözündürürler. Litrelerinde 1 gramın üzerinde çözünüş mineral bulunur.
3. Termomineral sular:Yüzey sularına göre yüksek bir sıcaklığa, yüksek mineral içeriğine ve özel bir kimyasal bileşime sahiptirler. Doğal sıcaklıkları 20º C’nin üzerindedir ve  litrelerinde 1 gramın üzerinde çözünmüş mineral bulunur.

Ayrıca, bazı özel mineralleri eşik değerlerin üzerinde içeren “özel balneolojik sular”sınıflaması da mevcuttur:

Karbondioksitli sular: 1 g/L üzerinde çözünmüş serbest karbondioksit içerirler.

Kükürtlü sular: 1 mg/L üzerinde -2 değerli kükürt içerirler.

Radonlu sular: 666 Bq/L üzerinde radon ışınımı içerirler.

Tuzlalar: 14 g/L üzerinde sodyum klorür içerirler.

İyotlu sular: 1 mg/L üzerinde iyot içerirler.

Florürlü sular: 1 mg/L üzerinde florür içerirler.